Vào tháng 8 năm 1328, Felipe chỉ mới được công nhận là vua của Navarra nhưng đã tham gia cùng vua Pháp trong việc đàn áp một cuộc nổi dậy của nông dân ở Vlaanderen.[29] Trong trận Cassel diễn ra ngày 23 tháng 8, lực lượng quốc tế hỗ trợ Felipe VI, được chia thành mười đội hình trận đánh, với đích thân nhà vua Pháp chỉ huy đội hình thứ năm. Vị vua đã ghép liền 39 lá cờ trong đội hình của mình, trong số đó có cờ của Felipe III.[30]

Sau đó, chính sách đối ngoại của Navarra dưới triều đại của Felipe III và Juana II lại chuyển hướng sang các nước trên bán đảo Iberia. Mặc dù họ bị vướng vào chính sách của Pháp, nhưng đôi vợ chồng vẫn muốn xây dựng mối quan hệ chặt chẽ hơn với các vương quốc láng giềng là Aragón và Castilla.[31] Từ năm 1329 đến năm 1333, họ thương lượng về một liên minh hôn nhân với Aragón qua công chúa Juana, người con cả và cũng là người thừa kế, sẽ kết hôn với vua Pedro IV của Aragón. Tuy nhiên, trong các cuộc đàm phán, hai người con trai của họ là Louis và Carlos chào đời và thay thế người chị trong thứ tự kế vị. Về sau, công chúa Juana trở thành một nữ tu. Tuy nhiên, liên minh với Aragón đã được quyết định vào năm 1338 khi Pedro kết hôn với Maria, con gái thứ hai của Felipe và Juana.[32]

Từ năm 1328 đến năm 1331, Felipe III của Navarra và Felipe VI của Pháp đã trao đổi thư từ với Alfonso XI của Castilla về việc khởi xướng một cuộc thập tự chinh chống lại công quốc Hồi giáo Granada, nhưng đã bị hoãn lại do sự miễn cưỡng của vị vua Pháp.[33] Vào ngày 1 tháng 10 năm 1333, Pierre-Roger, khi đó là Tổng Giám mục của Rouen, đã giảng đạo một bài thuyết giáo về cuộc thập tự chinh trước một hội đồng quý tộc với sự hiện diện của Felipe VI ở Paris. Sau bài thuyết giáo, vua Pháp đã mang cây thánh giá và cùng với vua Navarra, Công tước xứ Brabant, Công tước Bourgogne và công tước xứ Bourbon cùng thề nguyện sẽ thực hiện một "chuyến đi thần thánh ra nước ngoài" để giành lại Vương quốc Jerusalem. Cuộc thập tự chinh này cuối cùng đã được nhắm mục tiêu vào Granada, nhưng do tình hình chính trị bất ổn ở châu Âu đã phải trì hoãn vô thời hạn với sự chấp thuận của Giáo hoàng vào ngày 13 tháng 3 năm 1336.[34][35]

Vào cuối tháng 6 năm 1335, trong khi Felipe đang ở Pháp, vương quốc Navarra phải hứng chịu vụ đầu tiên trong một loạt các vụ xâm phạm biên giới bởi Castilla và leo thang thành chiến tranh vào tháng 10. Mặc dù cả Felipe và Alfonso đều không kích động thù địch, nhưng Alfonso cảm thấy có nghĩa vụ lãnh đạo quân đội của mình chống lại Navarra. Felipe đã cử tổng giám mục của Reims, Jean de Vienne, đến đàm phán một hòa bình, và Alfonso đã nhanh chóng đồng ý. Vào ngày 28 tháng 2 năm 1336 tại Las Cuevas, một hiệp ước hòa bình được ký kết. Navarra đã nhận được sự trợ giúp quân sự từ Gaston II, Bá tước Foix, và sau chiến tranh, Felipe đã ra lệnh cho ngân khố của mình để thưởng công cho bá tước.[36]

Vấn đề kế vị ngai vàng của Pháp vẫn sục sôi từ việc Felipe xứ Valois lên ngôi. Năm 1337, Edward III của Anh đã quyết định đòi ngôi vua nước Pháp với tư cách là hậu duệ nam gần nhất với Charles IV. Vào tháng 12 năm 1339, trong giai đoạn đầu của Chiến tranh Trăm năm, Felipe III của Navarra đã tăng cường sức mạnh đơn vị đồn trú ở Tournai nhằm đề phòng một cuộc bao vây của người Anh.[37] Ông đã sát cánh bên cạnh Felipe VI của Pháp và các vị vua liên minh như Johann của Bohemia và David II của Scotland trong chiến dịch đầu tiên của cuộc chiến khi vua Pháp kết thúc các cuộc bao vây ở Cambrai (8 tháng 10 năm 1339) và Tournai (25 tháng 9 năm 1340).[38]